«The End of Evangelion» раскрывает ключевые тайны и завершает сюжетные линии сериала самым драматичным образом. Главный твист заключается в истинной цели проекта SEELE и Гэндо Икари. Это не просто защита от Ангелов, а принудительная эволюция человечества — Проект Совершенствования, или Третий Удар. SEELE хотят слить всех людей в единое божественное существо, чтобы покончить со страданиями, в то время как Гэндо преследует более личную цель: он хочет воссоединиться со своей покойной женой Юи, душа которой находится в Еве-01.
Ключевым моментом становится предательство Рей. Вместо того чтобы подчиниться Гэндо, она сливается с Лилит и передает право решать судьбу мира Синдзи. Это показывает, что она обрела собственную волю. Весь апокалиптический финал — это визуализация внутреннего конфликта Синдзи. Слияние всех людей в LCL происходит потому, что Синдзи, находясь на пике отчаяния, желает мира, где никто не сможет причинить ему боль, что равносильно желанию уничтожить всех.
Концовка, в которой Синдзи отвергает Комплементацию, имеет глубокий смысл. Пережив слияние, он понимает, что мир без индивидуальности — это не жизнь, а смерть. Он осознает, что боль и радость — две стороны одной медали, и выбирает реальность, где есть и то, и другое. Его возвращение в физический мир вместе с Аской — это не счастливый конец, а начало нового, трудного пути. Они, возможно, последние люди на Земле, и их отношения по-прежнему полны конфликтов, что символизирует финальная сцена с удушением. Однако тот факт, что они смогли вернуться, означает, что у человечества есть надежда на возрождение, если люди сами этого захотят.