Фильм «Evangelion: 3.0+1.0» распутывает все основные сюжетные узлы, оставленные предыдущими частями. Центральный твист касается истинной природы Аски и плана Гэндо. Выясняется, что Аска Сикинами Лэнгли — не оригинал, а часть серии клонов «Сикинами», что объясняет её одержимость уникальностью и страх быть заменённой. В ходе финальной битвы она активирует в себе ангельскую сущность, заложенную в неё ещё при инциденте с Евой-03, но это оказывается частью плана Гэндо, который использует её, чтобы запустить Дополнительное Ударное воздействие.
Главное откровение касается мотивации Гэндо Икари. Его цель, «Проект Комплементации Человечества», была не просто стремлением к эволюции, а отчаянной и эгоистичной попыткой воссоединиться с погибшей женой Юи. Он признаётся Синдзи, что после её смерти он боялся любых близких отношений, включая отношения с сыном, и видел в слиянии всех душ единственный способ избавиться от боли и одиночества. В ходе их ментального поединка Синдзи понимает и прощает отца. Гэндо, в свою очередь, осознаёт, что дух Юи всегда был с Синдзи, и отказывается от своего плана, принимая смерть.
Концовка переворачивает всю концепцию франшизы. Синдзи, получив контроль над ситуацией с помощью нового Копья Гая, созданного ценой жизни Мисато Кацураги, решает не возвращать мир в прежнее состояние и не сливать всех в одно целое. Вместо этого он совершает «Неоновый Генезис» — создаёт совершенно новую реальность без Евангелионов, ангелов и связанных с ними страданий. Он прощается со всеми: с Рэй, которая обрела свою человечность; с Каору, освобождая его из цикла перерождений; и с Аской, признаваясь, что тоже любил её, и позволяя ей обрести покой. В финальной сцене повзрослевший Синдзи оказывается на реальной железнодорожной станции вместе с повзрослевшей Мари, которая забирает его из мира Евангелионов в наш реальный мир. Этот акт символизирует окончательное взросление и отказ от эскапизма.