Твист 1 (Убийство дяди Бена): Выясняется, что настоящий убийца дяди Бена — Флинт Марко, а не Деннис Каррадин. Выстрел был трагической случайностью: напарник Марко толкнул его под руку, когда тот лишь хотел угнать машину ради денег на лечение дочери.
Твист 2 (Правда о гибели Гоблина): Дворецкий семьи Озборн Бернард наконец признается Гарри, что Норман Озборн умер от ранений, нанесенных его собственным глайдером, а Питер Паркер не убивал его.
Финал и развязка: В финальном сражении на стройплощадке Веном и Песочный Человек объединяются, взяв в заложники Мэри Джейн. На помощь Питеру приходит Гарри Озборн. В ходе битвы Гарри жертвует собой, заслоняя Питера от летящего глайдера Венома.
Питер использует физическую слабость симбиота — резонанс от металлических труб — и создает звуковую ловушку, вырывая Эдди Брока из костюма. Когда Питер бросает в симбиота бомбу Гоблина, одержимый Эдди Брок бросается в эпицентр взрыва и погибает вместе с пришельцем.
Питер выслушивает исповедь Флинта Марко и произносит: «Я прощаю тебя», после чего Песочный Человек рассыпается по ветру. Гарри умирает на руках у Питера и Мэри Джейн. Фильм завершается меланхоличным танцем Питера и Мэри Джейн в кафе: их отношения не исцелились автоматически, но они делают первый шаг к преодолению боли.