Главный сюжетный поворот фильма кроется в предательстве Обадайи Стейна. Долгое время он позиционируется как верный друг семьи, который спасает корпорацию от опрометчивых решений Старка. Однако выясняется, что именно Стейн организовал похищение Тони в Афганистане, чтобы устранить его и получить полный контроль над компанией.
Этот твист гениален своей символикой: Стейн — это живое воплощение темного прошлого Тони Старка. Победив Стейна в финальной битве, Тони буквально уничтожает старую версию себя — беспринципного торговца оружием. Примечательно, что Тони побеждает не с помощью грубой силы (костюм Стейна превосходит его), а благодаря своему интеллекту и помощи Пеппер, которая перегружает большой дуговой реактор на заводе.
Концовка фильма разрушает самый старый штамп комиксов. Зачитав заготовленные карточки с алиби о том, что Железный человек — это его телохранитель, Старк внезапно опускает листок и говорит: «Я — Железный человек». Это решение не только подчеркивает его раздутое эго, но и завершает арку ответственности: Тони больше не прячется, он открыто встречает последствия своих поступков.
А сцена после титров, где из тени выходит Ник Фьюри (Сэмюэл Л. Джексон) и упоминает «Инициативу Мстители», стала настоящим шоком для гиков и скрытым обещанием, которое перевернуло киноиндустрию.