Сезон 1. Черепахи впервые выходят на поверхность и сталкиваются с Крангом, похищающим Эйприл и её отца Кирби; спасти удаётся только Эйприл. Сплинтер назначает Леонардо лидером. Карай сначала предлагает черепахам союз против Кранга, но её верность рушится, как только речь заходит об уничтожении Шреддера. Финал сезона раскрывает Кранг Прайма, коллективный разум расы, который через Технодром начинает вторжение, — и главный личный твист: Карай — это Мива, родная дочь Сплинтера, украденная и воспитанная Шреддером как оружие против её собственного отца.
Сезон 2. Шреддер идёт на второй союз с Крангом ради спасения Карай и уничтожения клана Хамато. В двухсерийном финале «The Invasion» Кранг Прайм объясняет, зачем нужна Эйприл: её уникальная энергетическая сигнатура стабилизирует терраформирование Земли. Вторжение удаётся: атмосфера меняется, люди задыхаются, логово потеряно, герои бегут из города. Это первое полноценное поражение команды.
Сезон 3. Черепахи, Эйприл и Кейси отсиживаются в Норт-Хэмптоне, разлучённые со Сплинтером, затем возвращаются в Нью-Йорк и вместе с Могучими Мутанимелами выбивают Кранг с Земли. Бишоп раскрывает, что Утромы когда-то были частью коллективного разума Кранга, но откололись ради мира, и предупреждает о Трицератонах, чьё оружие способно уничтожить всю Солнечную систему. Финал «Annihilation: Earth!» — двойная катастрофа: Шреддер убивает Сплинтера, погибая при этом сам, а Трицератоны уничтожают Землю. Черепах, Эйприл и Кейси в последнюю секунду подбирает Зейтон Ханикатт на корабле «Улисс» и уводит в прошлое.
Сезон 4. Фугитоид отбрасывает корабль на шесть месяцев назад. Начинается гонка за тремя фрагментами генератора чёрной дыры, которые Утромы столетия назад разделили и спрятали в самых защищённых уголках галактики. Появляются лорд Врингат Дрегг и охотник Армаггон. Трицератоны всё же собирают все три части — но черепахи возвращаются на Землю, объединяются со своими прошлыми версиями, успевают предупредить Сплинтера до удара Шреддера, обезвреживают детонатор «Сердца Тьмы» и разбивают Трицератонов. Вторая половина сезона — арка «City at War», ведущая к финалу «Owari»: герои и союзники уничтожают Супер-Шреддера и Клан Ноги, но Сплинтер всё равно погибает. Леонардо в медитации видит наставника, который говорит, что теперь сенсей — он, и братья нуждаются именно в нём. Название эпизода переводится с японского как «Конец»: смерть Шреддера здесь означает не только гибель врага, но и окончание вражды кланов Хамато и Ноги.
Сезон 5. «Tales of the Teenage Mutant Ninja Turtles» — двадцать эпизодов в семи арках. Шреддер возвращается из мёртвых усилиями демона Кавакса, и героям приходится остановить его прежде, чем он уничтожит мир. Завершается всё трёхсерийным «The Big Blow-Out!»: Шреддер и Кранг из вселенной мультсериала 1987 года проникают в реальность 2012-го и вербуют местных Бибопа и Рокстеди; черепахам, их двойникам из восьмидесятых, Эйприл и Мутанимелам приходится объединиться, а Бибоп и Рокстеди делают выбор, меняющий их жизнь.
Что становится понятно только в конце. Вся хронология шоу — история одной наследственной войны, в которую подростков втянули без их согласия: похищение Мивы задаёт конфликт задолго до рождения черепах, а закрывает его Леонардо одним словом. Смерть Сплинтера, отложенная путешествием во времени, но всё равно наступившая, задним числом читается как тезис сериала: можно переписать событие, но не саму необходимость взрослеть. И наконец, статус пятого сезона как набора побочных историй — по словам сценариста Брэндона Омана — превращает его в эпилог: главная история закончилась, дальше герои просто живут.