Ключевой сюжетный поворот, который определяет всю сагу «The Last of Us», — это решение Джоэла в финале первого сезона. Узнав, что для извлечения кордицепса из мозга Элли и создания вакцины её необходимо убить, Джоэл, не колеблясь, устраивает бойню в больнице "Цикад". Он убивает хирурга (который, как выясняется во втором сезоне, был отцом Эбби), Марлин и всех, кто встаёт у него на пути. Затем он забирает бессознательную Элли и лжёт ей, говоря, что "Цикады" нашли десятки других иммунных и прекратили поиски лекарства. Эта ложь становится фундаментом их жизни в Джексоне и бомбой замедленного действия.
Второй сезон начинается с последствий этого решения. Эбби, дочь убитого хирурга, годами вынашивает план мести. Она выслеживает Джоэла и жестоко убивает его на глазах у Элли. Это событие становится катализатором для всего второго сезона. Элли, ослеплённая горем и яростью, отправляется в Сиэтл, чтобы отомстить, и её путешествие превращается в кровавый цикл насилия. Она теряет друзей, свою человечность и почти теряет Дину, свою возлюбленную.
Скрытый смысл, который становится понятен лишь после полного просмотра, заключается в том, что не бывает абсолютных героев и злодеев. Поступок Джоэла, совершённый из любви, породил чудовищную ненависть в Эбби. Поступок Эбби, совершённый из любви к отцу, породил ненависть в Элли. Сериал показывает, как одна трагедия порождает другую, и что в этом мире у каждого есть своя правда и своя боль. Финал второго сезона, как и в игре, оставляет Элли опустошённой, осознавшей, что месть не принесла ей покоя, а лишь отняла всё, что было ей дорого, включая её способность играть на гитаре — последний дар Джоэла.