Ключевой сюжетный поворот происходит во второй половине фильма: попытка Сё зробити добро оборачивается катастрофой. Когда Сё заменяет кухню добываек на дедушкину из кукольного домика, он оставляет следы. Это позволяет Хару найти жилище Под и Хомили.
Хару жестоко выдирает доски, хватает паникующую Хомили, сажает ее в стеклянную банку и запирает Сё в его комнате, вызывая службу дератизации. Это заставляет миры окончательно пересечься: Ариэтти вынуждена обратиться за помощью к Сё. Вместе им удается перехитрить Хару и освободить маму Ариэтти.
Горькая правда финала: Хэппи-энда в привычном понимании не происходит. Спасение матери не отменяет того факта, что дом скомпрометирован. Добывайки собирают пожитки и уходят в неизвестность (дикий лес) под покровительством Спиллера. На рассвете Сё находит Ариэтти благодаря коту Нийя. Они прощаются навсегда. Ариэтти дарит ему свою заколку-прищепку как символ смелости, а Сё дарит ей кусочек сахара (символ начала их общения). Закадровый голос взрослого Сё подтверждает, что операция прошла успешно, и он спасен благодаря силе духа, которую ему подарила Ариэтти. Скрытый смысл финала суров, но прекрасен: разные виды не могут жить вместе без ущерба друг для друга, но память об этой встрече способна даровать жизнь.